Bientôt un outil pour détecter le rhizoctone brun de la pomme de terre

Le rhizoctone brun de la pomme de terre est une maladie fongique causée par Rhizoctonia solani, un champignon pathogène du sol. Il affecte principalement les germes, les stolons et les tubercules, provoquant des taches brunes, des manques à la levée, et la formation de sclérotes (forme de conservation du champignon) sombres à la surface des tubercules. Ces atteintes peuvent entrainer une dégradation de la qualité marchande. 

La gestion du rhizoctone brun repose avant tout sur des pratiques culturales préventives, telle que l’allongement des rotations, l’utilisation de plants sains et la maîtrise des conditions de plantation.

La prophylaxie confrontée à des limites

Toutefois, l’adaptation des rotations reste parfois limitée par les contraintes des systèmes de culture et en raison de la pathogénicité de R. solani sur d’autres plantes de grandes cultures, telles que la betterave, le maïs, le colza, etc. De plus, la capacité du champignon à se conserver durablement dans le sol complique la maîtrise de la maladie sur le long terme.

Afin d’améliorer la gestion de cette maladie, la mise au point d’un outil moléculaire permettant la détection et la quantification de R. solani apparaît nécessaire. Un tel outil offrirait une meilleure compréhension de la dynamique spatio-temporelle du champignon dans les sols agricoles et contribuerait à l’optimisation des stratégies de lutte. 

Cibler une seule souche, gage de fiabilité

R. solani comporte au moins 13 isolats, nommés « groupes d’anastomose »  (AG). Ces AG se caractérisent par des niveaux de pouvoir pathogènes et de gamme d’hôtes variables.

L’outil actuellement développé au laboratoire GénoPaV d’ARVALIS cible exclusivement la souche AG3 pour deux raisons. D’une part, les isolats du groupe AG3 sont spécifiques des Solanacées, dont fait partie la pomme de terre. D’autre part, ils sont capables de former des sclérotes et de se maintenir sur d’autres cultures de la rotation, contribuant ainsi à la survie du champignon dans les systèmes de culture.

Ainsi, l’outil n’amplifie ni les autres groupes de R. solani, ni les espèces phylogénétiquement proches, ni les autres micro-organismes pouvant se développer dans le sol ou sur les cultures. Cette spécificité garantit une détection fiable et précise, y compris dans les matrices complexes telles que les sols agricoles. 

Vers une application directe au champ

Une quantification de R. solani sera réalisée prochainement sur des tubercules de pomme de terre issus de parcelles agricoles présentant des niveaux d’expression de la maladie variables, afin d’étudier l’existence d’une corrélation entre l’intensité des symptômes observés et la quantité de champignons détectée.

Parallèlement, des échantillons de sols ont été prélevés à proximité des tubercules lors de la plantation et de la récolte dans le but d’analyser le lien entre la sévérité de la maladie et la quantité d’inoculum présent dans le sol. 

À terme, cet outil moléculaire pourrait permettre d’évaluer la pression exercée par le pathogène à l’échelle de la parcelle, et donc un suivi épidémiologique. Il ouvrirait aussi la porte pour mesurer l’efficacité de solutions alternatives sur la réduction de l’inoculum dans le sol et évaluer l’impact des pratiques culturales.