PCROOTS
Quantification de la biomasse racinaire dans des échantillons de sols par PCR quantitative
Enjeux
Le phénotypage du compartiment sous-terrain demeure difficile à entreprendre. Pourtant, de nombreuses questions scientifiques autour de l’alimentation des cultures en eau et éléments nutritifs pourraient en bénéficier afin de limiter les contraintes de stress abiotiques. Des méthodes de phénotypage au champ existent telles que la description du chevelu racinaire à la suite d'un prélèvement à la bêche (« shovelomic), l’analyse des racines dans des carottes de sol (« soil coring ») ou bien un suivi de la croissance racinaire par imagerie (« minirhizotrons ») mais ces méthodes restent coûteuses et difficiles à mettre en oeuvre sur un grand nombre de parcelles simultanément ce qui est un prérequis pour l’analyse de la diversité génétique.
Objectifs
Le projet a trois principaux objectifs : - internaliser la méthode de quantification des racines par qPCR déjà publiée sur blé tendre, - étendre cette méthode à d’autres espèces de céréales (blé dur, orge) et au lin à partir des ressources génomiques existantes (bases de données de séquences publiques pour le blé dur et l’orge et génomes de lin assemblés dans le projet GENOFLAX), - réaliser une comparaison avec la méthode de référence en conditions agronomiques.
Résultats attendus
Ces travaux permettront de disposer de protocoles permettant d’estimer la biomasse racinaire de blé tendre, de blé dur, d’orge et de lin dans des échantillons de sol par qPCR ou dPCR ainsi qu'une évaluation de la précision, de la sensibilité et de la spécificité de la méthode en conditions agronomiques par rapport à la méthode de référence.
