CDD Ingénieur Bioinformatique - 6 mois
ARVALIS-Institut du végétal, organisme de recherche appliquée, produit des références technico-économiques et agronomiques directement applicables dans les systèmes de production. ARVALIS a pour vocation d'être, par sa capacité d'expertise scientifique, un référent technique pour les agriculteurs, les filières et les pouvoirs publics français et européens. Le champ de compétence de l’Institut couvre les techniques de production, la récolte, le stockage et la conservation ainsi que les aspects qualitatifs des productions pour l’ensemble des débouchés.
Le pôle Valorisation de la Génomique (VALGEN) au sein du Service Adaptation des cultures aux agro-climats, Génétique et Phénotypage (SAGEP) a pour mission, entre autres, le développement des outils génétique (marqueurs génétiques) et génomique (séquences ADN, Génome, Annotation) pour la caractérisation des variétés et l’appui à la sélection variétale pour plusieurs cultures telles que le Blé tendre, Blé dur, Orge, Maïs, Lin fibre etc...
Dans le cadre d’analyse et de valorisation de données de séquences, ARVALIS - Institut du végétal, recherche un(e) ingénieur en Bioinformatique.
Principales missions
La personne recrutée aura pour mission d’analyser des données génomiques disponibles et de développer des pipelines d’analyse bioinformatique :
- Utiliser des outils bioinformatiques disponibles pour l'exploration et l'analyse de ces données génomiques (DNA-Seq et RNA-Seq, SNPs et variants structuraux)
- Rédiger, mettre à jour et automatiser des pipelines d’analyses bioinformatiques
- Développer de workflows d’analyse dans GALAXY pour les collègues de l’équipe ; réaliser diverses autres activités qui lui seront confiées
- Rédiger un rapport et de la documentation des développements réalisés
Profil
- Diplômé de Master2 ou Ingénieur (Bac+5) en Bioinformatique ou Biologie Computationnelle (ou expérience équivalente)
- Compétences et expériences d’analyse sur les environnements de calcul haute performance (clusters de calcul bioinformatique) de même qu’une forte maitrise de la programmation en python, R et d’un gestionnaire de workflow (Nextflow)
- Avoir une première expérience en analyse bioinformatique (contrôle qualité jusqu’à l’appel de variants) de données de séquences issues de différentes technologies de séquençage notamment Illumina, Pacbio et/ou ONT ; si possible en analyse de RNA-Seq
- Avoir des aptitudes à la rédaction de rapport scientifique, une forte autonomie, rigueur, capacité d’écoute, aptitude au travail en équipe, adaptabilité et un bon relationnel
- Maitriser l’anglais scientifique
Candidatures (lettre de motivation + CV) à adresser avant le 31/10/2024
